消費税額の計算では、課税売上割合が95%以上かつ、その課税期間における課税売上高が5億円以下であるときは、 売上等に係る消費税額から、仕入や経費等に係る消費税額を全額控除することが出来ます。

たまたま土地等の売却を行ったことにより、 課税売上割合が減少して95%未満になった場合には、全額控除ができないため注意が必要です。その場合には個別対応方式か一括比例配分方式のいずれかの方法を選択して計算することになりますが、全額控除による計算と比較して消費税負担が増えることになります。
ただし、たまたまの土地の売却等があった年度の課税売上割合が、その事業者の事業の実態を反映していないと認められる場合には、「課税売上割合に準ずる割合」の適用承認申請を受けることで、有利な消費税計算をすることができる措置があります。

さらに、課税売上割合の注意点として、一定の資産の取得により課税売上割合が著しく変動した場合には、消費税額の調整をする場合があります。一定の資産とは、棚卸資産以外の資産で税抜価額が100万円以上のもの（調整対象固定資産）です。調整が必要になるかの判断に加えて、消費税額の調整を行う時期が取得した日の年度から3年後であるため、調整の処理を失念しないように注意が必要です。


今年の6月には国税庁より消費税の不正還付に関する脱税事件が統計以後で最多になるとう公表がありました。このような背景もあって、消費税法は様々な規定が追加・改正されており、 年々内容が複雑になってきています。消費税の申告でお困りの際には、 専門家である税理士に相談することをおすすめします。